Zastosowanie metod bioinformatycznych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	6.1-ZMBwB
Kod Erasmus / ISCED:	13.0 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0512) Biochemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu:	Zastosowanie metod bioinformatycznych
Jednostka:	Wydział Przyrodniczo-Techniczny
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	(brak danych)
Skrócony opis:	Prowadzący: prof. dr hab. Jerzy A. Lis, dr Dariusz Ziaja A. Wymagania formalne: brak B. Wymagania wstępne: znajomość podstawowych zagadnień z zakresu systematyki organizmów, genetyki, mechanizmów ewolucji oraz informatyki; umiejętność wyszukiwania, korzystania i posługiwania się biologiczną literaturą naukową; umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych. Cele przedmiotu Poznanie i zrozumienie podstawowych pojęć z bioinformatyki. Poznanie i zrozumienie bioinformatycznych metod analizy DNA oraz nabycie umiejętności ich zastosowania w różnych dziedzinach biologii. Umiejętność wykorzystania technik komputerowych w naukach przyrodniczych, w tym w medycynie oraz umiejętność korzystania z bioinformatycznych baz danych. Umiejętność prezentacji pracy semestralnej w postaci pokazu multimedialnego.
Pełny opis:	Treści programowe A. Problematyka wykładu: Podstawy bioinformatyki. Banki danych molekularnych jako źródło sekwencji DNA wykorzystywanych w różnych dziedzinach nauk biologicznych. Analizy DNA jądrowego, mitochondrialnego oraz chloroplastowego. Zegar molekularny w badaniach biologicznych. Zastosowanie metod molekularnych w filogenetyce, filogeografii, ekologii, w badaniach nad bioróżnorodnością, biologii konserwatorskiej oraz w biologii sądowej i medycynie. Programy komputerowe umożliwiające wykorzystanie danych bioinformatycznych w naukach biologicznych. B. Problematyka konwersatoriów: Charakterystyka, funkcjonowanie oraz ewolucja genomów jądrowych, mitochondrialnych i chloroplastowych. Badania genomów jądrowych, genomów mitochondrialnych oraz chloroplastowych na wybranych przykładach. Przyrównywanie sekwencji DNA do różnego typu badań molekularnych. Działanie zegara molekularnego oraz metody stosowane w badaniach nad zegarem molekularnym wraz z przykładami jego zastosowania. Wykorzystanie markerów molekularnych w badaniach nad bioróżnorodnością i w biologii konserwatorskiej. Zastosowanie metod bioinformatycznych w badaniach filogeograficznych. Programy komputerowe wykorzystywane do analiz DNA oraz w badaniach filogeograficznych. Możliwości zastosowania metod bioinformatycznych w medycynie. C. Problematyka laboratoriów: Wykorzystanie programów komputerowych i baz danych bioinformatycznych do analiz filogenetycznych i filogeograficznych. Banki danych genetycznych w naukach biologicznych. Analizy DNA podjednostek jądrowych i mitochondrialnych.
Literatura:	Wykaz literatury A. Literatura wymagana do ostatecznego zaliczenia zajęć (zdania egzaminu): A.1. wykorzystywana podczas zajęć Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, 2009 (przekład red. nauk. Bujnicki J.) Pilot M., Rutkowski R. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. MiIZ PAN, Warszawa 2005. J.R. Freeland. Ekologia molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008. Brown T.A. Genomy. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2009. - literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim. A.2. studiowana samodzielnie przez studenta - jw. B. Literatura uzupełniająca Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2008. Słomski R. (red.). Przykłady analiz DNA. Wydawnictwo AR w Poznaniu, Poznań, 2004. - literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim. B. Literatura uzupełniająca: Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2008. Słomski R. (red.). Przykłady analiz DNA. Wydawnictwo AR w Poznaniu, Poznań, 2004. literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
Efekty uczenia się:	Wiedza: K_W01_rozpoznaje problemy badawcze, które wymagają zastosowania zaawansowanych narzędzi nauk ścisłych_OP2A_W01 K_W02_ interpretuje złożoność procesów i zjawisk w przyrodzie, których rozwiązanie wymaga podejścia interdyscyplinarnego_OP2A_W01 K_W12_dostrzega dynamiczny rozwój nauk biologicznych oraz powstawanie nowych kierunków i dyscyplin badawczych_OP2A_W03 K_W15_wyszukuje i wykorzystuje specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, użyteczne w rozwiązywaniu problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych_OP2A_W04 Umiejętności: K_U02_biegle wykorzystuje literaturę naukową w języku ojczystym, oraz posługuje się językiem angielskim na poziomie C1 _OP2A_W02 K_U03_ wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji biologicznych, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych_OP2A_U03 K_U05_ stosuje techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk biologicznych i analizy danych o charakterze specjalistycznym_OP2A_U05 K_U07_konfrontuje krytyczne informacje biologiczne pochodzące z różnych źródeł i na tej podstawie wyciąga uzasadnione wnioski_OP2A_W07 K_U08_ prezentuje krytycznie prace badawcze z zakresu wybranej specjalności nauk biologicznych z użyciem środków komunikacji werbalnej oraz multimediów_OP2A_U08 Kompetencje społeczne (postawy): K_K01_ma świadomość złożoności zjawisk i procesów biologicznych_ OP2A_K01 K_K04_ ma nawyk korzystania z uznanych źródeł informacji naukowej _OP2A_K04 K_K06_ systematycznie aktualizuje wiedzę biologiczną i informacje o jej praktycznych zastosowanich_OP2A_K06
Metody i kryteria oceniania:	Sposób zaliczenia: - wykład: zaliczenie z oceną - laboratorium: zaliczenie z oceną Formy zaliczenia: - wykład: pisemny test zaliczeniowy (test wyboru oraz z pytaniami otwartymi) - laboratorium: ustna prezentacja wyników analiz komputerowych (w formie prezentacji multimedialnej) Podstawowe kryteria: W: uzyskanie na teście 50% + 1 punktów, czyli udzielenie ponad połowę poprawnych odpowiedzi K: ocena przygotowanych prac semestralnych, przedstawionych w formie prezentacji multimedialnych L: ocena prawidłowości uzyskanych wyników analiz komputerowych oraz sposobu ich prezentacji

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Opolski.