Bioinformatyka

C1 Zapoznanie się z głównymi bazami informacji biologicznej i medycznej

C2 Zapoznanie się programami bioinformatycznymi powszechnie używanymi w biologii, biotechnologii, a także w medycynie. Prawidłowa interpretacja wyników uzyskanych ze stosowania programów bioinformatycznych

Wstępne zaznajomienie się studentów z głównymi bazami danych biologicznych, biochemicznych medycznych i literaturowych

Bliższe zapoznanie się z genomem drożdży (Saccharomyces cerevisiae, modelowym organizmem eukariotycznym) w bazie SGD.

Prezentacja i praktyczne zaznajomienie się studentów z programami; BLAST (porównywanie sekwencji), GENSCAN (przewidywanie egzonów), Mascot (analiza mas cząsteczkowych), NJ (konstrukcja drzew filogenetycznych), FIRSTGLANCE IN JMOL (wizualizacja struktur molekularnych).

Zapoznanie się z niektórymi programami analizującymi biochemiczne i fizykochemiczne właściwości kwasów nukleinowych, białek i peptydów

1 Baxevanis A.D. i Quellette B.F.F. Bioinformatyka, PWN, Warszawa 2004

2 Berg M.J., Tymoczko J.L., Stryer L. Biochemia, PWN, Warszawa, 2009, 2013

3 Instrukcje w Internecie

uzupełniająca

1 Publikacje przeglądowe polecane przez wykładowcę

2 Harisha S. Fundamentals of Bioinformatics, IK International, India, 2007

Nr efektu Efekty kształcenia

Wiedza

EKW1 Opisuje budowę i właściwości podstawowych typów makrocząsteczek biologicznych i ich elementów składowych

EKW2 Opisuje mechanizmy molekularne przepływu informacji genetycznej

EKW3 Opisuje zasady wykorzystania narzędzi informatycznych do analizy danych

EKW4 Prezentuje podstawowe metody analizy statystycznej

EKW5 Opisuje mechanizmy ewolucji z uwzględnieniem ich podstaw molekularnych

EKW6 Przywołuje podstawową terminologię naukową w języku polskim i angielskim z zakresu biologii i dziedzin pokrewnych

Umiejętności

EKU1 Samodzielnie wyszukuje i korzysta z dostępnych źródeł informacji biologicznej, a także medycznej, w tym ze źródeł elektronicznych

EKU2 Stosuje podstawowe metody statystyczne oraz algorytmy i techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych biologicznych, w tym danych mających zastosowanie w medycynie

EKU3 Dokonuje syntezy danych pochodzących z różnych źródeł i wyciąga na tej podstawie wnioski

EKU4 Uczy się samodzielnie wyznaczonych zagadnień

Kompetencje społeczne (postawy)

EKK1 Wykazuje zainteresowanie podstawowymi zjawiskami i procesami przyrodniczymi, w szczególności biotechnologicznymi powiązanymi z medycyną

EKK2 Jest odpowiedzialny za powierzany sprzęt i własną pracę oraz szanuje pracę innych

EKK3 Wykazuje zdolność do efektywnego działania indywidualnego według wskazówek oraz wykazuje gotowość i zdolność do pracy w zespole

Ocena formująca

Wyraża efekty, które studenci uzyskali w trakcie zajęć, przeprowadzana na początku, jak i w trakcie zajęć:

kolokwium/sprawdzian

odpowiedź ustna

sprawozdanie z ćwiczenia laboratoryjnego

wykonanie ćwiczenia praktycznego

aktywność na zajęciach

Ocena podsumowująca

Podsumowuje osiągnięte efekty kształcenia, przeprowadzana pod koniec zajęć:

egzamin/zaliczenie pisemne

egzamin/zaliczenie ustne

test

praca zaliczeniowa/semestralna

prezentacja multimedialna

raport z zajęć terenowych

średnia ważona ocen formujących

OF1 Aktywność na zajęciach OP1 Test pisemny i komputerowy

OF2 Wykonanie ćwiczenia praktycznego