Uniwersytet Opolski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Bioinformatyka II

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 6.16.BTM-BIO
Kod Erasmus / ISCED: 13.1 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0511) Biologia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka II
Jednostka: Instytut Inżynierii Środowiska i Biotechnologii
Grupy: Plan zajęć I Biotechnologii medycznej II stopnia, stacjonarne, semestr 01.(2024/25-Z)
Punkty ECTS i inne: 3.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Poznanie podstawowych zagadnień z dziedziny bioinformatyki oraz związanych z nimi baz danych

zrozumienie idei algorytmów i metod komputerowych stosowanych w analizach sekwencji nukleotydowych

identyfikowanie sekwencji kodujących białko i analizy sekwencji RNA; poznanie podstaw transkryptomiki

przykłady zastosowań mikromacierzy w biologii i medycynie

Poznanie algorytmów i metod komputerowej analizy sekwencji białkowych

Pełny opis:

W1-W4 podstawowe zagadnienia z dziedziny genomiki, bioinformatyki, transkryptomiki i proteomiki

W5-W7 rodzaje genomowych i bioinformatycznych baz danych

W8-W9 komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko; transkryptomika - metody analiz mikromacierzy; analizy genomów i genomika porównawcza

W10-W11 komputerowa analiza sekwencji białkowych na poziomie struktury pierwszorzędowej, drugorzędowej i trzeciorzędowej

W12-W13 poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku

W14 bazy struktur przestrzennych (PDB), przyrównanie strukturalne białek, klasyfikacja strukturalna białek

W15 zaliczenie

Forma zajęć

L1-L3 rodzaje genomowych i bioinformatycznych baz danych

L4-L9 komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko; transkryptomika - metody analiz mikromacierzy; analizy genomów i genomika porównawcza

L10 komputerowa analiza sekwencji białkowych na poziomie struktury pierwszorzędowej, drugorzędowej i trzeciorzędowej

L11-L12 poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku

L14 bazy struktur przestrzennych (PDB), przyrównanie strukturalne białek, klasyfikacja strukturalna białek

L15 zaliczenie

Literatura:

1 P.G. Higgs, T.K. Attwood. Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008.

2 J.-M. Claverie, C. Notredame. Bioinformatics For Dummies. Wiley Publishing, Inc. 2006.

Efekty uczenia się:

Wiedza

Wie, na czym polegają analizy genomowe i mikromacierzowe oraz przewidywanie struktur cząsteczek.

Rozumie teoretyczne i praktyczne podstawy analiz bioinformatycznych na różnych poziomach organizacji informacji biologicznej: DNA, RNA i białek oraz genomów.

Student zna podstawowe i specjalistyczne bazy danych dotyczące genów, białek i genomów.

Umiejętności

Potrafi zaplanować analizy bioinformatyczne i dobrać odpowiednie programy do postawionego problemu.

Student potrafi korzystać z biologicznych baz danych oraz obsługiwać podstawowe i specjalistyczne programy i narzędzia bioinformatyczne analizujące sekwencje DNA,x`x RNA, białek, poszukujące sekwencji podobnych, wykonujące przyrównania sekwencji, przewidujące struktury i wykonujące analizy genomowe.

Student właściwie interpretuje uzyskane wyniki tych analiz.

Kompetencje społeczne (postawy)

Student jest chętny do poszerzania swojej wiedzy przez poszukiwanie dodatkowych narzędzi bioinformatycznych w internecie oraz jest świadomy potrzeby ciągłego aktualizowania wiedzy w szybko rozwijającej się dziedzinie bioinformatyki.

Metody i kryteria oceniania:

Konwersatorium Zaliczenie z oceną Kolokwium zaliczeniowe z zadań – próg zaliczeniowy 60%

Wykład Zaliczenie z oceną Test zaliczeniowy – próg zaliczeniowy 60%

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/2023" (zakończony)

Okres: 2022-10-01 - 2023-02-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Grzegorz Kosior
Prowadzący grup: Grzegorz Kosior
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/2024" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-02-29
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Grzegorz Kosior
Prowadzący grup: Grzegorz Kosior
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/2025" (w trakcie)

Okres: 2024-10-01 - 2025-02-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Grzegorz Kosior
Prowadzący grup: Grzegorz Kosior
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Opolski.
pl. Kopernika 11a, 45-040 Opole https://uni.opole.pl kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.0.0-www3-8 (2024-11-08)