Bioinformatyka II

Poznanie podstawowych zagadnień z dziedziny bioinformatyki oraz związanych z nimi baz danych

zrozumienie idei algorytmów i metod komputerowych stosowanych w analizach sekwencji nukleotydowych

identyfikowanie sekwencji kodujących białko i analizy sekwencji RNA; poznanie podstaw transkryptomiki

przykłady zastosowań mikromacierzy w biologii i medycynie

Poznanie algorytmów i metod komputerowej analizy sekwencji białkowych

W1-W4 podstawowe zagadnienia z dziedziny genomiki, bioinformatyki, transkryptomiki i proteomiki

W5-W7 rodzaje genomowych i bioinformatycznych baz danych

W8-W9 komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko; transkryptomika - metody analiz mikromacierzy; analizy genomów i genomika porównawcza

W10-W11 komputerowa analiza sekwencji białkowych na poziomie struktury pierwszorzędowej, drugorzędowej i trzeciorzędowej

W12-W13 poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku

W14 bazy struktur przestrzennych (PDB), przyrównanie strukturalne białek, klasyfikacja strukturalna białek

W15 zaliczenie

Forma zajęć

L1-L3 rodzaje genomowych i bioinformatycznych baz danych

L4-L9 komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko; transkryptomika - metody analiz mikromacierzy; analizy genomów i genomika porównawcza

L10 komputerowa analiza sekwencji białkowych na poziomie struktury pierwszorzędowej, drugorzędowej i trzeciorzędowej

L11-L12 poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku

L14 bazy struktur przestrzennych (PDB), przyrównanie strukturalne białek, klasyfikacja strukturalna białek

L15 zaliczenie

1 P.G. Higgs, T.K. Attwood. Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008.

2 J.-M. Claverie, C. Notredame. Bioinformatics For Dummies. Wiley Publishing, Inc. 2006.

Wiedza

Wie, na czym polegają analizy genomowe i mikromacierzowe oraz przewidywanie struktur cząsteczek.

Rozumie teoretyczne i praktyczne podstawy analiz bioinformatycznych na różnych poziomach organizacji informacji biologicznej: DNA, RNA i białek oraz genomów.

Student zna podstawowe i specjalistyczne bazy danych dotyczące genów, białek i genomów.

Umiejętności

Potrafi zaplanować analizy bioinformatyczne i dobrać odpowiednie programy do postawionego problemu.

Student potrafi korzystać z biologicznych baz danych oraz obsługiwać podstawowe i specjalistyczne programy i narzędzia bioinformatyczne analizujące sekwencje DNA,x`x RNA, białek, poszukujące sekwencji podobnych, wykonujące przyrównania sekwencji, przewidujące struktury i wykonujące analizy genomowe.

Student właściwie interpretuje uzyskane wyniki tych analiz.

Kompetencje społeczne (postawy)

Student jest chętny do poszerzania swojej wiedzy przez poszukiwanie dodatkowych narzędzi bioinformatycznych w internecie oraz jest świadomy potrzeby ciągłego aktualizowania wiedzy w szybko rozwijającej się dziedzinie bioinformatyki.

Konwersatorium Zaliczenie z oceną Kolokwium zaliczeniowe z zadań – próg zaliczeniowy 60%

Wykład Zaliczenie z oceną Test zaliczeniowy – próg zaliczeniowy 60%