Application of bioinformatic methods

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	6.1-AoBM
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu:	Application of bioinformatic methods
Jednostka:	Wydział Przyrodniczo-Techniczny
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	(brak danych)
Rodzaj przedmiotu:	obowiązkowe
Skrócony opis:	Poznanie i zrozumienie podstawowych pojęć z bioinformatyki. Poznanie i zrozumienie bioinformatycznych metod analizy DNA oraz nabycie umiejętności ich zastosowania w różnych dziedzinach biologii. Umiejętność wykorzystania technik komputerowych w bioinformatyce oraz umiejętność korzystania z bioinformatycznych baz danych. Umiejętność prezentacji pracy semestralnej w postaci pokazu multimedialnego.
Pełny opis:	A. Problematyka wykładu: Podstawy bioinformatyki. Banki danych molekularnych jako źródło sekwencji DNA wykorzystywanych w różnych dziedzinach nauk biologicznych. Analizy DNA jądrowego, mitochondrialnego oraz chloroplastowego. Zastosowanie metod molekularnych w filogenetyce, filogeografii, ekologii, w badaniach nad bioróżnorodnością, biologii konserwatorskiej oraz w biologii sądowej. Programy komputerowe umożliwiające wykorzystanie danych bioinformatycznych w naukach biologicznych. B. Problematyka konwersatorium: Genomy jądrowe, mitochondrialne i chloroplastowe. Banki danych genetycznych w naukach biologicznych. Zegar molekularny a dane kopalne. Markery molekularne w badaniach nad bioróżnorodnością i w biologii konserwatorskiej. Analizy filogenetyczne w oparciu o dane morfologiczne i molekularne na wybranych przykładach. Badania filogeograficzne na wybranych przykładach różnych grup organizmów, w tym człowieka. Programy komputerowe wykorzystywane do analiz DNA, oraz w badaniach filogenomicznych i filogeograficznych. C. Problematyka laboratoriów: Wykorzystanie programów komputerowych i baz danych bioinformatycznych do analiz filogenetycznych i filogeograficznych. Analizy DNA podjednostek jądrowych i mitochondrialnych
Literatura:	Wykaz literatury A. Literatura wymagana do ostatecznego zaliczenia zajęć (zdania egzaminu): A.1. wykorzystywana podczas zajęć Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, 2009 (przekład red. nauk. Bujnicki J.) Pilot M., Rutkowski R. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. MiIZ PAN, Warszawa 2005. J.R. Freeland. Ekologia molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008. Brown T.A. Genomy. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2009. - literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim. A.2. studiowana samodzielnie przez studenta - jw. B. Literatura uzupełniająca Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2008. Słomski R. (red.). Przykłady analiz DNA. Wydawnictwo AR w Poznaniu, Poznań, 2004. - literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
Efekty uczenia się:	Wiedza K_W01_rozpoznaje problemy badawcze, które wymagają zastosowania zaawansowanych narzędzi nauk ścisłych_ P7S_WG K_W02_ interpretuje złożoność procesów i zjawisk w przyrodzie, których rozwiązanie wymaga podejścia interdyscyplinarnego_ P7S_WG K_W12_dostrzega dynamiczny rozwój nauk biologicznych oraz powstawanie nowych kierunków i dyscyplin badawczych_ P7S_WG K_W15_wyszukuje i wykorzystuje specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, użyteczne w rozwiązywaniu problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych_ P7S_WG Umiejętności K_U02_biegle wykorzystuje literaturę naukową w języku ojczystym, oraz posługuje się językiem angielskim na poziomie C1 _ P7S_UK K_U03_ wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji biologicznych, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych_ P7S_UW K_U05_ stosuje techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk biologicznych i analizy danych o charakterze specjalistycznym_ P7S_UW K_U07_konfrontuje krytyczne informacje biologiczne pochodzące z różnych źródeł i na tej podstawie wyciąga uzasadnione wnioski_ P7S_UW K_U08_ prezentuje krytycznie prace badawcze z zakresu wybranej specjalności nauk biologicznych z użyciem środków komunikacji werbalnej oraz multimediów_ P7S_UK Kompetencje społeczne (postawy) K_K01_ma świadomość złożoności zjawisk i procesów biologicznych_ P7S_KK K_K04_ ma nawyk korzystania z uznanych źródeł informacji naukowej _ P7S_KK K_K06_ systematycznie aktualizuje wiedzę biologiczną i informacje o jej praktycznych zastosowanich_ P7S_KK
Metody i kryteria oceniania:	Forma i sposób zaliczenia oraz podstawowe kryteria oceny lub wymagania egzaminacyjne • Sposób zaliczenia • wykład: egzamin z oceną • konwersatorium: zaliczenie z oceną • laboratorium: zaliczenie z oceną B. Formy zaliczenia • wykład: egzamin pisemny testowy oraz z pytaniami otwartymi • konwersatorium: przygotowanie i przedstawienie pracy semestralnej w formie prezentacji multimedialnej • laboratorium: ustna prezentacja wyników analiz komputerowych (w formie prezentacji multimedialnej) C. Podstawowe kryteria W: uzyskanie na teście 50% + 1 punktów, czyli udzielenie ponad połowę poprawnych odpowiedzi K: ocena przygotowanych prac semestralnych, przedstawionych w formie prezentacji multimedialnych L: ocena prawidłowości uzyskanych wyników analiz komputerowych oraz sposobu ich prezentacji

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Opolski.